技术简介

       染色质结合RNA 在基因组三维结构形成和¤基因转录调控等细胞核活动中ζ发挥重要功能，如何【鉴定染色质结合RNA（caRNA）及其在√基因组上的结合位点，对于研究它们的功能非常很重要。GRID-seq 技术就是一种高通量无偏检测caRNA与DNA 互助的技※术，其原理※是通过特殊设计的二价linker，两端分别连接RNA 和DNA，能实现全基因组RNA-DNA 相互作用的检测和分析。

技术流程

1. 预先设计特⌒殊的linker，一端是单链RNA，另ω　一端是双链DNA；

2. 用DSG和甲醛㊣　固定RNA-DNA相互作用，提取细胞核；

3. 用AluI 进行酶切；

4. 加入linker，linker的RNA与要捕获】的RNA连接；

5. 反转录，扩增连接的RNA；

6. 去除游离的linker；

7. linker的DNA与要↓捕获的DNA连接；

8. 用①整合素磁珠捕获DNA；

9. 从磁珠释放ssDNA，合成dsDNA，使用MmeI，将linker上设计好的酶切位☉点切开；

10. 跑胶，得到两个DNA片段，85bp的是连接了RNA和DNA的linker，65bp的是只连接了RNA或者DNA的linker。

技术应用

1. 细胞类型特异的相∴互作用^[1]；

2. 鉴定染色质结合RNA^[1]；

3. 用于预测与RNA 生成有关的基因组相互作用^[1]；

4. 染色体间的特异互作^[2]。

技术优势

1. 具有高特异性，高敏感性；

2. GRID-seq 技术的建立和发展，有助于科学研究者发现更多RNA 介导的调控活☆动。

参考文献：

[1]Li X, Zhou B, Chen L, Gou LT, Li H, Fu XD. GRID-seq reveals the global RNA-chromatin interactome. Nat Biotechnol. 2017 Oct;35(10):940-950. doi: 10.1038/nbt.3968. Epub 2017 Sep 18. PMID: 28922346; PMCID: PMC5953555.

[2]Li L, Luo H, Lim DH, Han L, Li Y, Fu XD, Qi Y. Global profiling of RNA-chromatin interactions reveals co-regulatory gene expression networks in Arabidopsis. Nat Plants. 2021 Oct;7(10):1364-1378. doi: 10.1038/s41477-021-01004-x. Epub 2021 Oct 14. PMID: 34650265

技术服务

睿锶生物积累了丰富的三维基因组学研究实验经验，产生了一系列高质量的GRID-seq 实验数据。