ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）是一种强大的技术，用于研究蛋白质如转录因子和组蛋白修饰与DNA的相互作用。通过这种△技术，研究人员能够全面理解基因表达的调控机制，揭示细胞内的分子事件和疾病发生的分子基础。本科研服务旨在为广大科研工作者提供高质量的ChIP-seq实验和数据分析服务，从而加速科研进展和成果的产出。

服务介绍

1. 实验设计咨询

提供个性化实验设计方案，根据研究目的和样本类型选择最合适的ChIP-seq策略。

确定目标蛋白质和相应的特异性抗体。

2. 样本处理

接收多种类型的样〓本，包括细胞系、组织样本和流式细胞分离的细胞。

使用优化的协议进行染色质免疫沉淀，以确保高效率的DNA-蛋白质复合物的提〓取。

3. 测序和数据生成

利用先进的测序平台（如Illumina NovaSeq）进行高通量测序，保证高深度覆盖率和重复性。

提供原始测序数据和质量控制报告。

4. 数据分析和解读

提供全面的数据分析服务，包括质量控制、序列比对、峰值检测、目标基因识别等。

进行富集分析、基因本体分析（GO）、通路分析以及基因表达调控网络的构建。

生成易于理解的报告和图表，帮助用户快速理解结果。

5. 后续支持和咨询

提供实验结果的解释和后续研究建议。

解答客户在实验设计、结果解析及数据应用方面的任何疑问。

服务优势

专业团队：由经验丰富的专家组成的团队，提供专业的实验操作和数据分析服务。

高效率：优化的实验流程和自动化的数据处理，确保项目快速完成。

高质量：严格的质量控制体系，保证实验和数据分析的高准确性和可重复性。

客户定制：根据客户的具体需求提供定制化服务，确保研究目标得以实现。

我们的目标Ψ 是通过提供高质量的ChIP-seq服务，支持科研工◤作者在基因组学、表观遗传学和分子生物学等领域的研究，加速科学发现和成果转化。欢迎联系我们获取更多信息和服务详情。

关于ChIP-seq文库构建和测序主要分为以下几步：

1、甲醛交联细胞系，将目标蛋白与染色质连接起来；

2、分离基因组DNA，并用超声波/酶切将其打断成一定长度的小片段；

3、添加与目标蛋白质特异的抗体，形成抗体与目标蛋白的免疫沉淀免疫结合复☉合体；

4、去交联，纯化DNA，建库测序。

对于ChIP-seq数据，分析流程

1.  首先利用fastqc软件对原始数据进行质量评估；

2.  再使用BWA或bowtie软件将原始数据比对到参考基因组；

3.  然后用MACS分别对每例样本进行峰挖掘（peak calling),

4.  之后对peaks 区域进行基因组位置注释、motif分析，并对靶基因进行GO和KEGG富集分析；

5.  若具有多种实验组样本，可挖掘各组样本间具有差异的peaks进行特异性Ψ分析等。

ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）是一种用于研究蛋白质与DNA相互作用的强大技术，常用于鉴定转录因子或组蛋白修饰在基因组中的结合位点。为确保实验的成功和数据质量，送样前需要遵循一些具体要求。下面是一个☆ChIP-seq科研服务的送样要求示例：

基本信息

送样者信息：请提供送样者的姓名、单位、联系电话和电子邮箱。

样本信息：提供样本的名称、类型（如细胞、组织等）、数量以及任何特别处理（如固定）的详细信息。

样本要求

样本质量：

细胞或组织应新鲜或适当固定，避免降解。

对于固定样本，推荐使用1%甲醛在室温下固定10-15分钟。

清楚标※记样本是否已固定以及使用的固定剂类型和浓度。

样本量：

对于细胞：至少提供2x10^6细胞每个ChIP试验。

对于组织：至少提供100毫克组织每个ChIP试验。

如果样本量有限，请事先【与服务团队沟通以确认最小可接受量。

样本准备和运输：

样本应分装在无菌EP管中，并标记清楚。

固定样本可」在4°C下短期存↑储，长期存储请置于-80°C。

冻存样本应使用干冰运输，新鲜样本可在冰袋▆中运输。

数据要求

实验设计：提供详细的实验设计说明，包括对照样本信息、预期的生物学重复次数等。

目标蛋白：明确指出待研ω究的蛋白质及其任何已知的抗体信息。

抗体要求

抗体验证：提供抗体的验证信息，包括Western blot或免疫沉淀实验结果等。

抗体量：至少提供10 μg抗体每个ChIP试验。

其他信息

数据分析需求：明确是否需要后续的数据处理和分析服务。

特殊要求：任何特殊处理或注意事项，请提前通知服务团队。

请注意，不同的服务提供商可能会有不同的具体要求，上述要求只是一个通用指导。在送样前，应详细阅读服务提供商的送样指南，并与其沟通确认∴所有细节。

表观基因组修饰有助于转录调控，但在水稻中仍未发现全面的参比表观基因组。在这里，我们开发了一种用于植物的增强型染色质免疫沉淀eChIP（enhanced chromatin immunoprecipitation）方法，并生成了五种组蛋白修饰和RNA聚合酶II的全基因组图谱。通过整合染色质可及性、DNA甲基化∑　和转录组数据集，我们在20个代表性水稻品种的不同组织中构建了全面的表观基因组景观。大约81.8%的水稻基因组具有不同的表观基因组特征。使用开放染色质和▼H3K4me3标记区域对启动子区域进行细化，可以深入了解转录调控。我们发现了广泛的增强子样启动子，通过染色质相互作用在转录调〖控上具有潜在的增强子功能。活性和抑制性组蛋白修饰和预测的增强剂在不同组织中差异很大，而非活性染色质状态相对稳定。总之，这些数据集构成了水稻功能元件注释的宝贵资源，并表明了表观基因组信息在理解转录调控方面的核心作用。

该研究全面概述了水稻的表观基因组图谱，启动子染色质特征，enhancer-like promoters和不同组织中的表观基因组动态变化模式以及遗传变异对这些水稻表观基因组图谱的影响。该研究这些数据为全面解析水稻基因组提供重要的资源。