技术简述
CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation),即靶向剪切和标签技术,是?种利用抗体偶联转座酶剪切技术进行高效、高分辨□ 率的DNA测序文库构□建方法,也是替换传统的ChIP-Seq用以研究蛋白质-DNA互作关系研◎究的新方法,属于新?代超微量蛋白互作DNA的技术。可用于检测组蛋白修饰位点、RNAPOLII和转录因?等具有DNA结合功能的蛋白种类,对表观遗传学、肿瘤和干细胞等领域的研究具有重要意义。
技术流程
技术应用
判断DNA链的某一特定位置是否发生某种组蛋白修饰;
检测RNA polymerase II及其它反式因子》在基因组上结合位点的精确定位;
研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系;
转录因子结合位点研究。
技术优势
参数 | ChIP-Seq | CUT&Tag |
甲醛交联 | 是 | 否 |
超声破碎 | 是 | 否 |
获取片★段化DNA方法 | 超声打断 | 使用Tn5转座酶 |
细胞起始量 | 106-107 | 单细胞-5*105 |
测序深度 | 20-50M reads | 3-5M reads(低丰度靶点可尝试增加) |
是否需要完整的建库流程 | 需要 | 不需要 (Tn5可直接在DNA片段←两端加测序接头,一次PCR扩增即可) |
完成时间 | ≤1周 | 1-2天 |
CUT&Tag省掉了甲醛交联、超声破碎和加测序接头的额外工作,使实验时间大大缩短,同时因为检测的灵敏度高,所需的样品的起始量低。测序量也大大减少。