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                WGBS:全基因】组甲基化测序

                阅读 : 12
                时间 : 2024年03月07日

                技术简介

                DNA methylation(DNA甲基化)是指在甲基化转移酶的作用下,DNA的CG双核苷酸ξ的胞嘧啶被选择性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,哺乳动物细胞中甲基化主要发生在CG双核苷酸的胞嘧啶〓上,植物细胞中则存在很大比例的non-CG(CHH、CHG,H代表A、C、T)甲基化。DNA甲基化ξ 能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。异常的DNA甲基化会导致发育◥异常、肿瘤等疾病的发生。因此,DNA甲基化的研究对于深入理解基因表达、个体发育以及疾病的发生、发展机制都具▓有重要意义。

                重亚硫酸盐(Bisulfite)处理能够将未甲基化修饰的C碱基将被转化为U,而甲基化修饰C碱基将保持不变,因此←成为表观遗传学研究的经典实验方法。WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequencing,全基因组甲基化↓测序)将Bisulfite处理与高通量测序技术相结合,能够绘制单碱基分辨率的DNA甲ζ基化图谱,可用于研究物∴种特定DNA区域甲基化与特定表型之间的关联。

                WGBS实验原理

                人们开发了多种方法来测♂定样本中的DNA甲基化水平。全基因组重︼亚硫酸氢盐测序WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequencing)被视为是检测⌒甲基化水平的“金标准”,其原理是用』亚硫酸氢钠(Sodium Bisulfite处理,将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U,经过PCR扩增〓后变成T,与原本具有︽甲基化修饰的C碱基区分开来,再结合高通量测序,与∏参考序列比对,即可判断CpG/CHG/CHH(H为A或C或T)位点是否发生甲基化。

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                技术流程及路线


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                技术应用

                • 全基因组甲基化图谱课题
                • 标志物筛选课题
                • 小规模研究课题


                技术优势

                1) 应用范围广:适用于所有参考基因组♀已知物种的甲基化研究;
                2) 全基因组覆盖:最大限度地〓获取完整的全基因组甲基化信息,精确绘制甲基№化图谱;
                3) 单碱基分辨率:可精确分析每一个C碱基的〖甲基化状态


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