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WGBS-seq
12-27
2023
全基因组重亚硫酸盐甲基化测序(WGBS)可以在◆全基因组范围内精确的检测所有单个胞嘧啶碱基(C碱基)的ω 甲基化水平,是DNA甲基化研究的金标准。WGBS能为基因组DNA甲々基化时空特异性修饰的研究提供ぷ重要技术支持,能广泛应用在个体发育、衰老和疾病等生命过程】的机制研究中,也是各物种甲基化图谱研究的首选方法。全基因组甲基化测序技术通过T4-DNA连接酶,在超声波◤打断基因组DNA片段的两端连接接头序列,连接产物█通过重亚硫酸盐处理将未甲基化修◣饰的胞嘧啶C转变为尿嘧啶U,进而通过接头序列…
RNA-seq
12-27
2023
RNA测序(RNA-seq)是转录组学研究的重要工具ㄨ,也是生命科学领域最常用的技术之一。相比于传统通路研究低维度、低通量的局限性,转录组学有以下优势:1)能够动态考察细胞基因组的表达,多维度地反映差异变化;2)可用于研究占RNA绝大¤部分的非编码RNA,研究其结构以及在细胞生命活动中的重要调控作用;3)与蛋白组学研究相互补充,更全面地呈现细胞水平的变化信息。作为转录组学研究的技术▓基础,RNA测序技术也在不断地更新迭代。RNA-seq(RNA sequencing [1])即转录组测序技术,就是用…
ChIP-seq
05-08
2022
ChIP (enhanced chromatin immunoprecipitation) 是将染色质免疫共沉淀和高通量测序相结合的技术。通过组蛋白特异性抗体,将带有特定修饰的组蛋白-DNA复合物沉淀下来,从而获取该组蛋白结合的DNA。通过对DNA进行高通〒量测序,即可获得该组蛋白在染色体上的分布情况。该方法通过直接超声处理被甲醛固定的组织,大大提高了染卐色质提取的效率,ChIP也适用于其他单子叶和双子叶植物中的修饰组蛋白和转录因子,ChIP-Seq的总体效率提升至少几十倍以上,可用于鉴定水稻、拟南芥、玉米和甘蓝型油…
CUT&Tag
05-08
2022
CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation, CUT&Tag)是一种研究蛋白『质与DNA互作的新方法。该方法通过分子生物学手段将高活性的Tn5转座酶与Protein A融合,并装载建库接头引物形成pA-Tn5转座复合物。在抗体的引导下该pA-Tn5转座复合物可靶向切割目的蛋白附近的DNA序列。与传统ChIP-Seq相比,该技术无需交联与超声打断操作,规避了抗原决定簇遮盖和样本损失问题,提高了信噪比,所需细胞量减少(可低至60个)。与CUT&Run相比,该技术在pA-Tn5转座复合物进行切割时…
ATAC-seq
05-08
2022
ATAC-seq技术,全称为:Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing),是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的一种用于研究染色◇质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法(Buenrostro, Giresi, Zaba, Chang, & Greenleaf, 2013)。该方法通过超活化Tn5转座酶将序ξ 列接头插入到染色质开放区域,然后通过DNA测序数据分析推断染色质各区域的可及性、转录因子结合位点以及核小体位置。ATAC-seq可以在全基因组范围…
表观多组学
05-08
2022
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